陳清蓮生於錫礦家族，祖父母輩來自中國，在金寶擁有一個錫礦場，萬貫家財足以供所有子孫出國留學。在英殖民時期，有錢人普遍崇尚英國教育，送孩子到教會學校，隨之送孩子到留學英國，陳清蓮的父母親正是在留學英國時相識、交往，並在1956年——馬來亞獨立前一年在倫敦生下了她。
當時英國保姆給她取了個英文名「瑪麗」（Mary），從此她的家人朋友都直呼她「瑪麗」，從來沒人喚她中文名。
她生在政局變幻的時期，幼年總是在遷徙。在英國誕生一年後，她隨父母回到正值政權交接時期的馬來亞，一家人因父親的工作而定居在新加坡。她父親當上了公務員，在公共工程局（JKR）任職。
在馬新於1965年分家前，公務員可選擇留在新加坡或回到半島工作，他選擇了後者。於是，在1964年，他們舉家遷回半島。這一趟回來，「馬來亞」已成歷史，他們回到了剛於1963年成立的新國家「馬來西亞」。
「在我的印象中，由於父親工作的關係，整個成長過程就是不斷地搬遷。我們從八打靈再也搬到巴生、芙蓉、怡保，然後回來吉隆坡。就是轉了一個大圈。在JKR工作時，我父親常被調派到不同的地方，直到他自已出來開了一間建築公司後，我們的生活才開始比較安定下來。那時候我們在怡保待過一陣子後就決定搬回來吉隆坡。」她回憶道。
她的父親是客家人，母親則是廣東人，她在家除了說英語，亦說客家話和廣東話。「陳清蓮」是祖母給她取的名字，「蓮」字是按族譜而定。陳家在金寶的祖屋是一間大屋，瑪麗上學時，大部分的學校假期都在這間大屋裡渡過。
那時她的母親是一名美髮師，父親亦忙於工作，每逢學校假期她就會被送回金寶的祖屋，與祖父母及一班同樣被父母送回來渡假的堂兄弟姐妹一起生活。平日，孩子們總會跟隨祖父去錫礦場；每到周末，他們都會提著凳子，一路走到金寶大街，買票入場看客家大戲。
她說：「這是一個很傳統的華人家庭。即使是一起吃飯，也是男女分開的。在佳節期間吃飯，也要論輩份而坐。吃團年飯時，我們會有5、6桌的人。那時候我們在金寶的祖屋比較大。可以容下所有人。現在這間老家已經賣了，變成一間修車廠。」
陳家男尊女卑的思想直接顯現在餐桌上，較美味的食物都會保留給男性子嗣，在教育上，男子孫亦享有優先權，只是錫礦場給陳家帶來了豐厚的財富，足以讓整代人包括女性子嗣出國求學。家族對待男女的偏差，在瑪麗的心中種下了一顆叛逆的種子，隨後在她赴英國留學時萌芽。
瑪麗亞陳的曾祖父（黑衣）和曾祖母（穿大袍的女人）
民主初體驗
雖說祖父母的思想傳統，但卻兼有實業家的實務。她說，在英殖民時期，英校是很多人的首選，她的祖父母都非常務實，認定孩子應該要懂英文，因此送了她的父親去教會學校，畢業後赴英留學，雖然她的父親的數個兄弟都受中文教育，但皆有機會出國留學。
在不斷遷徙的成長歲月中，唯一不變的是她念的都是教會學校，其中包括芙蓉、巴生的教會學校，以及八打靈再也的亞松大（Assunta）學校，英語是主要的教學用語，馬來語次之。
這些在英殖民時期創辦的教會學校給了她民主的啟蒙，她道：「老實說，教會學校對我們學生的期望和要求很高，尤其是在亞松大學校。當時學校在恩達修女（Sister Enda Ryan）的領導下，很多辦校理念都反映出民主的精神，例如學校的學長和班長都不是由老師委任。我們會舉辦總學長及學長競選，所有學生都有投票權。當時全校都投入競選運動，當然我沒有參加競選，我其實並不是什麼傑出的學生。」
她的整個童年沒什麼娛樂，直到念一年級時才有戲院，念六年級時黑白電視機才闖進她的世界，因此小時候書本是她的良伴。在她那個年代，電視上播的都是卓別林默片、印度、中文、馬來文電影，英文電影很少。「對於馬來文化的認識，P.Ramlee其實影響我很多，如那些他寫的歌曲。此外，還有電影院的中文邵氏電影。」
1974年，完成了馬來西亞教育文憑（Malaysian Certificate of Education，MCE）考試後，她就赴英國深造。她先在劍橋完成O水平考試，接著就到倫敦大學念經濟學士文憑，畢業後轉攻城市規劃碩士文憑。
1977年，她從劍橋去到倫敦時，越南戰爭剛剛結束，反戰的氣氛依然濃厚，當時南非尚在實施種族隔離政策，而菲律賓仍由惡名昭彰的馬可斯獨裁統治，世界掀起一陣反戰、反種族隔離和反貪腐的風潮。
在她念茲在茲的馬來西亞，自1969年513事件後推行的新經濟政策無法解決貧窮問題，人民的困境催化了左派運動和學生運動，以致政府在1971年制定《大專法令》鉗制學生的言論及結社自由，壓制正在興起的學生運動。儘管如此，在1974年9月打昔烏達拉（Tasik Utara）非法木屋區被政府強拆事件，及1974年從11月持續至12月的華玲農民反飢餓大示威中，大學生仍無懼地走出校園聲援被壓迫的人民。
隨後，在吉隆坡市中心集會聲援華玲農民的1128名學生卻遭警方逮捕。同年12月8日，政府濫用《1960年內安法令》進入馬大校園展開大逮捕，以致許多大學生深陷牢獄，有的學生則逃亡到國外，如希山姆丁萊益斯（Hishamuddin Rais）和後來成為瑪麗丈夫的尤努斯阿里（Yunus Lebai Ali）。在這個大時代背景之下，瑪麗感受到了時代的召喚，投身學生運動的大浪潮。
瑪麗亞陳與其生命中的靈魂伴侶尤努斯，兩人當時在倫敦仍是朋友，直至回國後才開始熟路交往，成為彼此生命中的靈魂伴侶。
感受大時代
瑪麗當時主要是活躍於留學英國及愛爾蘭馬新學生聯合會（Federation of United Kingdom and Eire Malaysian and Singapore Students' Organizations，FUEMSSO）。在她的大學裡，學生們亦成立了馬新學生組織，經常舉辦各式論壇，題目多樣從體育到政治都有。
當時伊朗的伊斯蘭改革運動興起，在倫敦的馬來穆斯林學生活躍於宣教運動（Dakwah movement），參與者大都是領政府獎學金去英國求學的穆斯林學生。
據瑪麗敘述，推動宣教運動的組織是伊斯蘭改革理事會（Islamic Revolutional Council，IRC）以及從中分裂出來的Suara。雖然意識形態有別，但Fuemsso和IRC及Suara這三個組織皆非常關注馬來西亞的時局，因此經常聚在一起交流看法。
「就是從這些活動，我開始慢慢地醒覺。我們和宣教運動的學生一起辦過論壇，互相交換意見，其中一些參與者還在（這個圈子)，如祖基菲里阿末（Dr.Dzulkefly Ahmad）、卡立沙末（Khalid Samad）和賽卡瑪魯丁（Said Kamaruddin）。這些都是我們同期（70–80年代）的人物。那時候我們對很多事情的看法都不一樣，但是現在我們大家卻可以一起合作。想法的轉變，這是很奇妙的事情。」
那個時代在倫敦的馬來西亞學生非常具有國際觀，熱切關注世界各地的人權、貪腐等議題。當時馬可斯貪污瀆職，與夫人艾美黛過著窮奢其侈的生活，並涉及未經審訊禁錮、謀殺等惡行，大馬學生極之關注菲律賓的時局，而且還與其他東南亞學生成立了一個人權組織，聲援菲律賓人民的反貪腐鬥爭。
提到這裡，她說：「這和馬來西亞發生的事情很相似，他們有艾美黛和馬可斯，我們有羅斯瑪和納吉。」
「那個時候我們每個人都參與了各種不同的運動。當時的倫敦幾乎每個周末都會有遊行抗議。有南非種族隔離運動、巴勒斯坦課題、反馬可斯運動等。我們大都在特拉法加廣場（Trafalgar Square）集合。此外我也有參與一些當地的遊行，如抗議外國學生學費起價、勞工權利（工作環境、薪酬）。在倫敦，只要你願意，你一定可以接觸到很多全球或在地的不同課題。」
大約在1978/79年，她在巴勒斯坦解放組織（Palestinian Liberation Organization，PLO）的年度代表研討會（Annual Delegate Conference）上首次遇見尤努斯阿里。逃離大馬後，尤努斯曾經流亡香港、澳洲，後來加入了當時由阿拉法（Yaser Arafat）領導的巴勒斯坦解放組織，並參與巴勒斯坦戰爭長達三年。
過後他流亡到英國，並在倫敦東北職專學院修讀社會學。在該研討會上，他講述了自己在前線作戰的經驗，讓馬新學生能具體了解巴勒斯坦的時局。他的分享給她留下了深刻的印象，但兩人在倫敦只是維持朋友關係，直到回國之後他們才開始熟絡、交往。
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