十二原的提出,最早見於《靈樞·九針十二原》 ,其文說:「
五藏(之外)有六府,六府(之外)有十二原,十二原出於(兩肘兩膝)四關,四關(以下穴)主治五藏(病)。五藏有疾,當取之十二原。十二原者,五藏之所以稟(給)三百六十五節氣味也。五藏有疾也,應出十二原。」

這裡表達得很有層次,以五臟為主,兼及六腑,其外部有原穴,原穴之氣還散發給365個穴。本篇所舉的十二原,是指五臟之原在四肢左右側各一,再加腹部的膏(鬲)之原鳩尾、肓之原脖腴(氣海),沒有提陽經之原。
五臟之原是指:肺之原,太淵;心之原,大(太)陵;肝之原,太衝;腎之原,太谿;脾之原,太白。都是以「太」為名,表示其地位的重要。
五臟有病反應於各原穴,並可取用原穴施治;對於腑病則以取用「膏(鬲)肓」之原為主。如《靈樞·四時氣》:「邪在大腸,刺肓之原、巨虛上廉、三里」;「邪在小腸……取之肓原以散之……取巨虛下廉以去之。」這種遠近配穴,腑病近取腹部穴,遠取下合穴是切合臨床實際的。

《靈樞·本輸》由陰經之原擴展到陽經之原。陰經之原,同時是「井、滎、輸、經、合」中的「輸」穴,而陽經則在「輸穴之後另設「原」穴。那就是——
膀胱足太陽,「過於京骨」為原;膽足少陽,「過於丘墟」為原;胃足陽明,「過於衝陽」為原;三焦手少陽,「過於陽池」為原;腸手太陽,「過於腕骨」為原;大腸手陽明,「過於合谷」為原。
「所過為原」這話是對陽經來說的,因其脈氣較長,在「輸」穴之後另設一「原」穴,不像陰經那樣「輸」和「原」同是一穴。《難經》將這種情況說成是「以輸代原」,把兩者的主次關係顛倒了。因為陰經五臟之原是早就明確的, 陰經由原穴兼輸穴,陽經則於輸穴之後另設一原穴,從而排列為:井、滎、輸、原、經、合。陰經只有「五輸」,陽經就成為「六輸」。

《靈樞》以手厥陰(稱「手心主」)大陵作為心之原,是因為「邪之在於心者皆在於心之包絡」,故定其原穴為大陵。《靈樞·邪客》則提到手少陰「外經病而藏不病,故獨取其經於掌後銳骨之端」,指的是神門穴。此後《難經》乃把它歸入到十二原穴,與《本輸》所載的「十一原」合成十二原。但神門的主治是以神誌病為主,不是以心臟為主。故《難經》只說它是「少陰之原」而不說「心」。《難經》又把「臍下腎間動氣」即原氣的理論與原穴結合起來,認為原氣散發三焦,通行十二經,所止之處就稱原穴,原穴就成為各經的代表穴。
古代針灸書中稱十二經名而不稱穴名者,多數是指其原穴而言,也有指其他穴者 ,如足太陰不指太白,而指三陰交:足太陽不指京骨,而指崑崙;足少陽不指丘墟,而指足臨泣;手少陽不指陽池,而指中渚;手太陽不指腕骨,而指後溪等等。多數是其上下較接近的經穴。作為一經的代表穴 ,臨床應用時根據實際情況作些移動也是合理的。

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