相對於中國與巴基斯坦等國的軍事合作，中國與印尼間的軍事合作就顯得相對低調的多。其實早在1958年至1959年，印尼就為對抗前荷蘭需要中國給予軍事援助。1958年中國援助印尼1100萬美元，援助軍事裝備有飛機51架，登陸艇4艘，以及輕武器、通訊器材、後勤物資。1961年中國又向印尼提供了軍事援助貸款3000萬美元。自1965年後，中國與印尼間的軍事合作陷入停滯並最終中斷。
特別是近年來經濟狀況好轉之後，印尼強化了引進武器的力度，從2010到2015年，印尼軍費年均增長16.6%，並從俄羅斯購買了米-17直升機、蘇-30MK2戰鬥機、BMP-3戰車等裝備。
印尼又與中國恢復了軍事合作關係。據外媒披露，中國曾為印尼軍隊的蘇-27/蘇-30系列戰鬥機提供了飛行員培訓服務，赴華受訓的印尼飛行員主要學習航空理論和模擬駕駛，而由於經費有限和經驗欠缺，印尼還向中國學習了蘇-30戰鬥機的維護技術。
此外，中國飛彈也備受印尼的青睞，目前印尼已經是中國製造的C-802型反艦飛彈和前衛-1型可攜式地對空飛彈在東南亞的第三大客戶，僅次於泰國和緬甸。
而據英國簡氏防務報道，印尼的KCR-40型飛彈快艇也裝備了中國武器系統，分別為中國製造的30毫米口徑AK-630艦炮、20毫米口徑機關炮和C-705型反艦飛彈。據稱，裝有固體燃料的C-705型反艦飛彈的有效打擊距離為72公里，如加裝二級助推段，射程可達169公里。C-705型飛彈裝備有110公斤級彈頭，末端飛行高度為5到7米，主要裝備50到500噸級別的小型巡邏艇，用來攻擊排水量超過1500噸的大中型艦艇，堪稱以小博大的殺手鐧。此外，有消息稱未來印尼很有可能購買中國的C602A遠程反艦飛彈。
簡氏防務同時還介紹了印尼採購中國海上雷達系統的情況，認為印尼近年來與中國商討購買海上監視系統相關事宜，以提高監視偵察能力。據悉，印度尼西亞正在與中國進行磋商，討論可能購買中國的SLR-66超視距雷達系統。
而今年3月，印尼國防部透露，印尼正在評估採購中國製造的彈炮合一防空系統的可行性，該系統包含雙聯裝35毫米高射炮和PL-9C防空飛彈，並裝備AF902型X波段火控雷達，可同時追蹤最多達20個目標。
而就在大肆購買過中國飛彈武器後，印尼國防部則在印尼周邊將大幅增強防衛，包括部署戰艦、F-16戰鬥機、防空飛彈、雷達和無人機，興建新碼頭和升級飛機跑道等。除了硬體設施，印尼還將在中方海軍必經之路上派駐空軍和海軍陸戰隊特遣部隊，以及一個營的陸軍兵力。印尼軍隊的上述動作不得不防。
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