立法委員柯志恩今在教育及文化委員會指出，教育部長吳茂昆任職國科會主委期間，未經申請到杭州參加高新技術技術高峰論壇，有違當時「台灣地區公務員及特定身分人員進入大陸地區許可辦法」，吳茂昆一開始表示有申請，還說歡迎去查，沒申請就下台，柯志恩繼續逼問下，吳茂昆卻又改口「看賴院長要不要我下台」。
柯志恩質詢指出，吳茂昆曾在2005年到蘇州參加國際科學理事會，又到杭州參加高新技術高峰論壇，吳茂昆坦承是實情，但都有申請。柯志恩指出，科技部發函表示吳茂昆當時只有申請到蘇州，沒有申請到杭州，吳茂昆回應確定有申請，還歡迎柯志恩去查，如果沒有就下台。
柯志恩再次質問，要是真的被查到沒申請，是不是要下台？吳茂昆又改口，「看賴院長要不要我下台」。柯志恩表示，「你百分之百沒申請，你剛說了，只要拿出證據來，就會讓賴院長決定你的去留？」吳茂昆沈默幾秒，回應「謝謝指教」。
柯志恩受訪表示，吳茂昆2005年的確到過蘇州，經過申請參加國際科學理事會大會，但卻違法用美國國家科學院海外院士頭銜，私下前往杭州參加浙江大學與香港科大舉辦的高新技術高峰論壇發表演講，並發表名為「台灣科學與技術發展」之演講，沒有申請，違法事證明確。
柯志恩說，科技部曾發函表示吳茂昆93到95年任職國科會主委期間，只有94年10月赴中國大陸蘇州一次，吳茂昆沒申請赴杭州，「吳茂昆自己私下過去，徹底違法。而且本來說違法就下台，最後卻轉而說讓賴院長決定去留，對這樣的教育部長感到悲哀。」
立法委員柯志恩今在教育及文化委員會指出，教育部長吳茂昆任職國科會主委期間，未經申請到杭州參加高新技術技術高峰論壇。記者吳姿賢／攝影
教育部長吳茂昆一開始表示有申請，還說歡迎去查，沒申請就下台，柯志恩繼續逼問下，吳茂昆卻又改口「看賴院長要不要我下台」。記者許正宏／攝影
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