精靈寶可夢GO》的玩法與系列正統作品並不太相似。玩家需要在遊戲世界中捕獲精靈寶可夢並訓練它們。遊戲世界的地圖是現實世界的整個地球，而基礎資料是來自開發商Niantic之前的作品《Ingress》，像《GO》中可以給玩家提供免費道具的寶可夢補給站(補給站)（PokéStop）和道館（Gym）就是基於《Ingress》地圖上的傳送門（Portal）的位置資料。此外在遊戲中會針對不同區域提供不同的精靈寶可夢，比如在靠近水（湖泊、海岸、河灘）的區域，水系的精靈寶可夢出現的機率會比其他地方的要高。[23]玩家在遊戲中的移動是基於玩家在現實世界中的位置，例如此前只在正統作品中的孵蛋系統也在本作中登場，玩家在獲得寶可夢蛋後可以使用孵蛋器，而要孵化《GO》中提供的寶可夢蛋，需要玩家在現實中行走或移動來達到一定距離才可以孵化成功，獲得新的精靈寶可夢。在系列中的道館也有在本作中出現，玩家在道館中會將選擇自己的派系，不同的派系之間會有戰鬥。[24]

遊戲與系列正統相比，在許多方面都有大幅簡化。例如在本作中捕捉寶可夢只需要對其扔出精靈球進行捕捉，而非像正統作品裡需要先進行戰鬥後再進行抓捕。而在寶可夢的養成上，玩家也僅需要使用同一類寶可夢的神奇糖果便可以加強其寶可夢的能力，並且在遊戲中使寶可夢進化也是採用這種方式，而非像正統作品裡需要達到一定等級才可以。[25][26]遊戲的付費內容包括了購買遊戲中的虛擬貨幣「PokéCoins」來購買升級遊戲中玩家自己的道具，而此貨幣也可以透過防守道館來獲得。[27]

在2016年9月的更新中，遊戲加入了「夥伴寶可夢」（Buddy Pokémon）系統。該系統允許玩家從自己的寶可夢中選出一隻寶可夢，它會出現在玩家的個人檔案頁面；而且隨著玩家的步行距離它會獲得相應的神奇糖果等獎勵。[28]

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