1683年7月16日，澎湖外海，早晨颳起了颱風，在波濤洶湧的海面上400多艘戰船打開大炮炮門緊張的相互對峙著，在清朝入主北京，在太和殿面見群臣39年後，清軍與明軍的最後一場大戰終於即將爆發。一場海賊對海賊王的大海戰。
清 朝以弓馬騎射定天下，就是在山地叢林還可以利用漢軍綠營，而在海上爭鋒，確是缺少辦法。因為鄭成功一手建立的這支水師，是明朝有史以來海戰實力最強的水 師，清朝就是收編了明軍其他水師也絕對不是鄭成功水師的對手。正如康熙年間的福建總督姚啟聖所說的那樣，鄭成功所遺留的明軍水師實際上與蒙古騎兵一樣，都 是生於海上，死於海上，全副身家都在船上，在船上飲食睡覺，婚喪嫁娶。所以從將軍到小兵都熟悉風帆櫓索，火炮風向，操駕行止。如果不是經久訓練的精銳水師 根本就打不過他們。所以在清朝史書上留下了大量辱罵台灣明軍是海賊，海寇的字跡。
清朝的辦法有2個，第一大力拉攏鄭成功部下投誠，最後「以賊攻賊」，第二，封鎖沿海不准給台灣的明軍輸送糧食等生活物資和進行其他貿易。
清朝以弓馬騎射定天下，就是在山地叢林還可以利用漢軍綠營，而在海上爭鋒，確是缺少辦法。因為鄭成功一手建立的這支水師，是明朝有史以來海戰實力最強的水師。
台灣軍民合計最多7萬實力不大
在 1683年7月16日這天以前，雙方已經爆發過多次海戰。1664年和1665年，全部都是由鄭成功部投誠將領如施琅，周全斌，黃廷，陳蟒，鄭鳴駿和林順 帶領下的清軍水師並聯絡荷蘭水師為先鋒，但是遭遇颶風，轉瞬之間巨浪凌空拍擊船隻，人仰船傾，從海底發出悲號之聲，清軍沒辦法只好返航。
明 軍降將施琅給清朝皇帝出主意說，台灣明軍實力其實不大，澎湖只有百姓5000多人，台灣本島居民也只有2萬多人，鄭成功，鄭經帶去的軍隊及其家屬共計 3.7萬人。除去病故傷亡5千人，歷年戰死數千，歷年投誠數百。現在雖然號稱擁兵30多鎮，但實際上一鎮只有200-600人。
現在這些明軍都分散在台灣南北耕種，疏於訓練。而且十分五六沒有老婆，只能一世孤獨，心中不滿。我們只要招撫和進剿相結合，等待機會，一舉拿下澎湖，則台灣必下。施琅這個建議，讓康熙皇帝非常欣賞，晉升其為內大臣。
就在清軍還沒有發動進攻的時候，在台灣的明軍卻已經開始反攻大陸了。康熙17年，1678年2月10日，明軍趁著潮水在夜間悄悄的登陸福建玉洲。
海賊王反攻大陸滅3萬滿漢清軍
就 在清軍還沒有發動進攻的時候，在台灣的明軍卻已經開始反攻大陸了。康熙17年，1678年2月10日，明軍趁著潮水在夜間悄悄的登陸福建玉洲，隨後擊敗清 軍總兵趙得壽的步兵和姚儀的數百騎兵。明軍利用戰船和潮水忽而登陸襲擊清軍城鎮，時而又登船奔赴下一個目標，搞的滿漢清軍在陸地上拚命奔跑疲於奔命。
3月18日，明軍水師和陸軍封鎖包圍了清軍重鎮海澄，海澄半山半水，是漳州的門戶，在這裡有清軍滿漢兵督提三標諸鎮營騎步兵4萬大軍。海澄清軍兵多大炮多，但是糧食少，明軍也不強攻，而是奪取其附近小城鎮以徹底切斷其與外界的聯繫。
海澄清軍很快就吃光了糧食，開始殺妻子奴僕為食。83天後，明軍衝進已經餓的發綠的海澄，此戰清軍損失滿漢官兵3萬多人，戰馬8000多匹。
清軍發揮騎射特長擊敗"海賊"
清廷對海澄之戰的結果大怒，無論滿漢將領都遭到了臭罵。但是隨後明軍包圍泉州2個多月，未能成功。清軍各地水陸大軍向泉州雲集，當福建全省清軍超過10萬人時，在力量上已經數倍於明軍，清軍進入反攻階段。
8月26日，清軍將領林賢在定海海戰中，趁潮水低落，發起突襲首次擊敗明軍水師。擊沉明軍戰船40多艘，俘虜239人，殺傷過千人。
9 月，清軍福建總督姚啟聖，靖南王耿精忠，公爵黃芳泰滿清大軍在龍虎山與劉國軒明軍決戰。都統胡圖出戰失利，姚啟聖再戰再次失利，這時靖南王耿精忠親自帶領 部隊衝鋒，從左翼縱馬突馳，賴塔則從右翼突入，這次明軍戰敗，16營明軍被陣斬4000人，被俘1200人，溺水死者萬人，只劉國軒等少數人潛水逃亡。
清軍使用連環炮和金槍手配合騎兵衝突在蜈蚣山再次與1萬明軍交戰，明軍設立木拒馬，後面是火炮，鳥銃和火箭噴筒進行火力打擊。
隨 後清軍使用連環炮和金槍手配合騎兵衝突在蜈蚣山再次與1萬明軍交戰，明軍設立木拒馬，後面是火炮，鳥銃和火箭噴筒進行火力打擊，從早晨開始清軍連續發動攻 擊，福建總督姚啟聖在陣前連續斬殺3名畏縮不前的軍官，激戰到中午，明軍火器因發射頻繁，導致過熱，火力減緩，清軍才衝破明軍拒馬，沖開明軍陣勢，得以發 揮八旗騎射的本領，此戰清軍陣斬明軍3000人，生擒1200人。
這2場仗打下來以後，清軍自己財政都熬不住了，在福建不說超過10萬人的軍隊，光是八旗軍的戰馬就有3萬多匹，福建缺乏飼料，全是為糧食，一匹馬的開支是10個人的支出。福建總督都請求皇帝現在陸地戰鬥已經平息，皇上可以把滿洲騎兵調回北方了，費用太貴養不起了。
清軍勾結荷蘭人進攻廈門明軍
1680 年，清軍福建水師提督萬正色率領200多艘戰船，水陸官兵2.8萬人反擊金門廈門明軍。全軍在定海等候荷蘭海軍前來匯合，但是荷蘭艦隊遲遲未到，海上正值 北風，對清軍有利。清軍立刻發動水陸兩軍同時進攻，一邊命令封鎖所有港口，布設大炮，不准明軍水師靠岸補充淡水和糧食。
海澄明軍此時分為投 降派和主戰派，雙方誰都說服不了對方，於是大打出手。清軍滿漢大軍乘機進城克服海澄，對廈門形成包圍。此時的廈門陷入一片慌亂之中，人民鼎沸，男女老幼無 船可逃，遍滿海灘，號啕之聲遍起，甚至還有情急赴水者，難以指數，清軍很快登陸廈門，3月，金門守軍向清軍投誠。
1679年康熙任命施琅為 太子太保，右都督兼福建水師提督總兵官剋期出兵進取澎湖，台灣，施琅本人就是鄭成功的部將投誠清軍，他以熟悉海戰的明軍鄭家降將為核心，征福建沿海青年為 士兵，訓練了一支足以擊敗明軍水師的清軍海戰力量。在武器上，西洋人南懷仁自從1675年開始為清軍鑄造大炮，其炮射程遠，精度高，質量上乘。在盧溝橋試 射時，240門紅衣大炮發射21600發炮彈，命中率甚高，有的大炮在發射了400發炮彈後仍然完好無損。另外南懷仁還進獻了一部神武圖說70卷，其中制 造大炮理論26卷，圖解44幅，是引入中國的第2部西洋炮術書籍，極大提高了清軍的炮術水平。
1683年5月，清軍水師2.1萬人，戰船238艘駛向澎湖。6月，施琅將大批白銀擺在桌子傳令誰敢打前鋒，當先突陣，誰就把白銀拿去。
投誠兵一人賞50兩白銀拉攏明軍
另一方面，清軍在漳州設立館驛招募台灣明軍投誠，凡是文武官員全部按原職務安排崗位，只要歸順明軍士兵長發者賞白銀50兩，短頭髮者賞白銀20兩。願意參軍的發給軍餉入伍，願意種田的回到原籍給予土地。
很快，前線哨所的清軍士兵報告說來了2名長發賊投誠，名為柳勝和林斗。經過審問得知，這2個人都是澎湖來的，他們說現在澎湖有大小船隻110多艘，士兵中老兵和老兵家屬2000人，新依附的士兵4000人，這些新依附的士兵沒有鬥志，只等待歸順朝廷。
1683年5月，清軍水師2.1萬人，戰船238艘駛向澎湖。6月，施琅將大批白銀擺在桌子傳令誰敢打前鋒，當先突陣，誰就把白銀拿去。
澎湖初戰明軍炮強清軍失利
6 月16日，清軍與明軍在澎湖爆發初戰，清軍輪番發動進攻，但是都被明軍擊退，最後明軍的3艘戰船甚至還包圍了施琅的旗艦，要不是其他清軍戰船拚命救援，施 琅就要命喪當場了。此次初戰，明軍水師總督林升被2發鳥銃子彈命中，還身受3支弓箭命中，右腿被大炮打斷，被運回台灣本島。清軍水師提督施琅的右眼也被鳥 槍打傷。
清軍戰後在中軍船上總結經驗認為，明軍其實就靠著幾艘炮艦，清軍爭先恐後的集中隊形衝擊，只能讓明軍肆意炮擊攻打。不如排成列陣， 用梅花陣，5艘戰船為一隊，一隊圍打明軍一艘船，其他清軍戰船在外圍為游擊和奇兵。另外所有戰船的船帆上都要書寫坐鎮軍官的姓名，以邊遠遠可觀，知其進 退。
所有大型戰船帶2倍船員，只要船面戰鬥人員有損失，船艙內的後補隊員立刻補上。所有軍官都要寫下軍令狀，必須死戰。
時間來到了1683年7月16日清晨，清軍傾巢出動向澎湖娘媽宮進發，明軍所有戰船起帆，發炮吶喊前出迎戰。
清軍5船攻1船海賊王徹底戰敗
時間來到了1683年7月16日，清軍傾巢出動向澎湖娘媽宮進發，明軍所有戰船起帆，發炮吶喊前出迎戰。
清 軍朱天貴是明軍降將，他和現在的明軍將領江勝和林應是姻親，朱天貴大聲叫喊，親家，你看我現在當上總兵了，你也趕快棄邪歸正吧！江勝回答，天豈容如汝此背 義之人！於是命令轉舵，順勢開炮，一發炮彈果真就打穿了朱天貴的肋部。這不能說不是一個奇蹟，在300多年前的前膛炮打出的圓形炮彈竟然可以一炮狙殺一個 單人目標。
但是清軍全部都是專門製造的戰船，大船多，大炮多。而澎湖明軍使用的船隻實際上小船很多，民船很多，真正的炮船數量很少。畢竟當 時台灣人口稀少，很難有大把金錢修建和維持一支真正的全炮戰船海軍。台灣全年的收入都買不了一艘大噸位風帆戰列艦。所以，清軍在大炮數量，船隻噸位和船隻 數量上是有很大優勢的。
清軍56艘大戰船分成8股，做疊次衝擊，其後是80多艘戰船作為預備隊隨時準備出擊。
清 軍56艘大戰船分成8股，做疊次衝擊，其後是80多艘戰船作為預備隊隨時準備出擊。明軍炮艦都配備3000斤或4000斤紅夷大炮一門，發熕炮20多門， 鳥銃100多支，近戰火力猛烈，炮火矢石，有如雨點，煙焰蔽天，咫尺莫辨。但是清軍5艘船打1艘船，明軍戰船或被火罐所燒，或被大炮擊沉，不可勝計。最後 清軍從側翼再投入一支艦隊，重壓之下明軍徹底崩潰。一炮打死清軍總兵朱萬貴的明軍左虎衛江勝也在戰敗時，自沉戰船自殺，隨後又有走投無路的20艘明軍戰船 自爆船艙火藥自沉。明軍其他鎮將邱輝，陳啟明，林德，陳政，曾瑞，蕭武，蔡智等陣亡，吳潛自殺。
此時海面上的風勢有利於清軍，清軍借著風勢 船輕舟快，瞬息飛駛，居上風上流之力，壓攻濟擊，一可當百。經過8個小時海戰，明軍200多艘戰船，被擊沉燒毀190多艘，死傷各級軍官300多人，鄭氏 明軍水師主力1.2萬人全滅，屍浮滿海。清軍戰船沒有一艘被擊沉，這也符合了戰場5打1的態勢，即在質量相差不大的情況下，擁有絕對數量優勢的一方將可以 以微乎其微的損失全滅數量劣勢的一方。
澎湖島上明軍4853人剃髮投誠。清軍被炮擊死亡300多人，炮擊負傷1800多人。
鄭成功家族被全部編入八旗軍
如 施琅所說台灣本島不過最多6萬軍民，在澎湖一戰損失1.7萬主力，現在島內的實力已經無力抵抗清朝大軍進剿。要知道劉國軒為在澎湖與清軍決戰，已經把台灣 島內所有精壯敢死之士全部帶走，佃丁民兵全部抽調，商船和私家船隻全部徵發參戰，這些一旦損失乾淨，現在明軍已經沒有實力再戰了。
鄭克塽在主和派的支持下，向施琅派出代表請降，並提出「三不傷」請求，即清軍入島「不傷鄭室一人，不傷百官將士一人，不傷台灣黎庶一個」。清軍同意，鄭克塽上交大明延平郡王配招討大將軍印信向清廷投誠。
康 熙皇帝下詔：爾祖、父自明季以來出沒海洋，盤踞島嶼：本朝定閩之後，爾祖鄭成功竊據一隅，甘外王化；以及爾父鄭錦，苟延歲月，假息偷生，勾引奸徒，窺伺內 地，屢經勦撫，仍執迷不悟，頑梗怙終..................爾等果能悔過投誠，傾心向化，率所屬偽官軍民人等悉行登岸，將爾等從前抗違之 罪，盡行赦免，仍從優敘錄，加恩安插，務令得所。
隨後鄭克塽前往北京，全家隸屬漢軍正紅旗，為第5參領第1佐領，賞賜公爵，賜第京城，劉國軒為天津總兵，授予伯爵，歸入八旗，馮錫范為伯爵，歸入漢軍正白旗。在台灣的明朝宗室，東巴王朱江，魯監國世子朱恆，安樂王朱浚，朱慈曠等等也被清軍俘獲。
康熙和後來的乾隆皇帝總結說，朱成功系明室遺臣，非朕之亂臣賊子，鄭家三代反清復明，是各為其主。派官護送在台灣的鄭成功和鄭經父子靈柩回福建南安家鄉安葬。