恐怖事件之後，美國運輸安全管理局開始啟動嚴格的安檢措施，包括大紐約地區三大機場在內、全美62個大型機場正式啟用全身掃描儀。這種儀器能形成全身三維透視圖像，可查出身體里是否隱藏著槍枝、炸彈或者液體爆炸物等危險品。
由於這種儀器曾因侵犯隱私權，招致民眾反感，因此運輸安全管理局又推出了新的安檢措施，規定沒有配置身體掃描機的機場，或者不願意接受及其檢查的旅客，安檢人員可以用手掌和手指檢查對方身體，包括胸部、臀部等所有敏感部位，老人、病人以及12歲以下的孩子都不能例外。
自從「9·11」事件以來，美國的安檢措施就在不斷加大，脫鞋、檢查筆記本電腦、禁止攜帶液體等等措施一撥接一撥。民眾雖有怨言，但畢竟都漸漸接受了，因此美國政府應該會在新的安檢措施上堅持到底。
美國聯邦運輸安全局局長皮斯托爾在接受美國媒體採訪時表示，安全與隱私之間總存在權衡，政府將尋找用最不侵犯的方式進行最有效掃描的方法。但在找到更好的辦法之前，這些安全措施仍將繼續實施。
隨著這些有爭議的安檢措施逐漸在美國各地鋪開，旅客和安全人員為此發生的爭吵越來越多。此後，不少人都在網上發起了抵制全身掃描或搜身的行動。
針對民眾發起的抵制行動，美國各方意見不一。美國運輸安全管理局局長約翰·皮斯托爾表示，相關部門正在考慮如何修改機場安全檢查措施，以平息民眾關於機場安檢過於嚴格、侵犯隱私權的不滿。
而白宮發言人吉布斯則表示，「政府的目標是必須最大限度地保護公眾的安全，同時儘可能減少對民眾造成的不便和侵犯。這不是一項容易的任務」。
美國國土安全部部長納波利塔諾當天在新澤西發表講話時警告民眾，不要在機場抵制新的全身掃描儀，說這樣做會「適得其反」，她呼籲旅客耐心接受機場的安檢程序。
運輸安全委員會芝加哥地區發言人福特諾斯堅持認為，一個人接受一次全身掃描只需要10秒鐘，而搜身則需要4分鐘。接受全身掃描明顯能夠提高效率。「旅客自己應該為出行的效率負責」
驚！實拍美國機場超嚴格安檢 必須摸胸