台北的經濟重鎮內湖科學園區，每天有超過10萬人上班、年營收超過3兆新台幣，但根據量測，內湖科學園區的土地是基隆河截彎取直而來，原本都是基隆河河床，爛泥層厚，全是軟弱黏土，房屋基樁無法打到兩百多公尺深的岩盤，台大地質系教授陳宏宇就擔心，硬體設施若不夠堅固，遇到強震，後果令人憂心。
陳宏宇是在中天新聞「國土地質大調查」節目中做出上述表示，他強調，內湖是舊河道地區，「下頭勢必是一些比較軟弱的一些爛泥．那些爛泥裡頭，含有非常高量水，飽和地層勢必水壓，壓力比較大，那你房子結構放在那個地方，很可能產生沉陷，很可能產生變形」。
由於士林夜市和劍潭捷運站也是基隆河填平之後的新生地，專家擔心同樣有軟弱土壤問題，尤其在這樣的土壤上蓋房子，地震來襲時容易引發共振效應，如果大樓和盆地的地震晃動週期一致，搖晃程度會擴大，就有專家認為，嚴重的話，建築物的5或6樓，可能會攔腰折斷。
台北市土木技師公會拱祥生認為，「如果地震不是在台北發生，而是從中部發生的，它經由中南部傳上來之後，它在桃園地震力會比較小，可是傳到台北的地震力，可能因為有盆地效應的關係，因為我們是軟弱地盤，會把地震力再放大」。
除了共振效應，台北盆地的建築物還面臨土壤液化威脅，依據台北市政府公布資料，其中台北市的高度液化區包括延平北路七段、社子島、石牌派出所以北區域、士林橋周遭、捷運民權西路站到大橋頭，行天宮南側、光華數位新天地附近、大安森林公園北側、青年公園東側、信義路四段和南港分局等10處。
台北市的中度液化區則有五常國中、台北長庚周邊、大安森林公園東側、萬華國中周邊區域、華中橋西側河濱公園和台灣科技大學等6處。這邊的砂質土壤如果遇到強震，減少砂石顆粒間的摩擦力，地層承載力恐怕會瞬間消失，房屋就容易傾斜或倒塌。
大台北地區有超過30萬棟屋齡超過30年的老舊房屋，專家建議都市更新迫在眉睫，因為如果強震來襲，災害將難以估算。