我們的魚菜共生能種哪些菜呢？該怎麼才能種好菜？
如以需肥量的高低可分為：
低需肥量作物：葉菜類、草本植物、萵筍、羅勒、薄荷、西芹、芫荽、小白菜、空心菜及豆科植物。
中需肥量作物：甘藍、花椰菜、青花菜、芋頭、蔥、蘿蔔。
高需肥量作物：西紅柿、茄子、黃瓜、南瓜、草莓、苦瓜辣椒。
適合魚菜共生系統栽種的作物，以季節可分為：
春：落葵、秋葵、空心菜、羅勒、甜椒、黃瓜、苦瓜、紫蘇、青椒、青蔥。
夏：絲瓜、蒲瓜、玉米、芹菜、碗豆、羅勒、茄子、空心菜。
秋：辣椒、草莓、西芹、包菜、花椰菜、青花菜、羅蔓。
冬：茼蒿、韭菜、甜菜根、萵筍。
一、作物栽培作業要領
配合季節選擇適栽作物，作物栽培避免一次性的採收，最好分批種植分批採收，可維持水質穩定。在深水栽培系統 (DWC) 一般采育苗後再移植至浮板進行栽培，可大幅縮短栽培時間。在潮汐型系統 (FAD) 盡量選擇大苗栽培，可縮短栽培時間並提高成活率。作物栽培盡量利用設施 (溫室) 降低病蟲害發生機率。魚菜共生系統基本上可提供作物生長所需的氮肥，但部分微量元素卻無法從系統中獲得，因此微量元素缺乏成為魚菜共生系統無法避免的屏障。透過在水中添加微量元素可改善生長情形，如水中添加控制2 mg/L濃度的EDTA-Fe即可改善缺鐵的問題。另外，水的pH值影響作物對微量元素的吸收甚巨，因此做好水質管理亦可改善營養不良的問題。
二、病蟲害的管理
魚菜共生系統中植物栽培模式與水耕栽培相近，病蟲害相亦相同，也就是說一般土耕或介質耕中相同的作物會發生的病蟲害，亦會發生在魚菜共生系統中。為避免化學藥劑 (農藥)對養殖系統造成影響，在魚菜共生系統中，病蟲害的管理以不使用農藥的綜合管理策略進行。
1. 溫網室栽培：覆蓋塑料布可隔絕雨水，避免病原菌藉由雨水飛濺傳播；利用防蟲網防止害蟲入侵。建構溫網室時，要注意室內的日照及通風，雖然網目越細的防蟲網，對於小型昆蟲的阻絕效果越佳，但會降低室內通風，提高相對濕度，營造病害發生的有利環境。部分瓜果類 (如蒲瓜)，因溫室內無授粉昆蟲，需透過人工授粉提高著果率。
2. 選擇適宜的作物種類：高溫期間由腐黴菌所造成的猝倒病，是較為普遍發生的病害，如萵筍類蔬菜進入四月以後，因溫度升高，猝倒病成為生產體系中的限制因子，在無法使用藥劑控制的情況下，更換適宜夏季栽培且不易罹病的作物種類 (如空心菜)，是可行的策略。
3. 田間衛生：隨時清除罹病蟲之植物組織，可以有效降低栽培環境中的病蟲源密度。
4. 輔以非農藥防治資材：病蟲害種類因氣候及作物種類而有所變動，如西紅柿晚疫病、萵筍葉斑病、西紅柿刺皮癭蟎、蚜蟲、薊馬、銀葉粉虱等，均曾於本場試驗期間出現於魚菜共生系統中。選用適宜的非農藥防治資材，如礦物油、蘇力菌、枯草桿菌、亞磷酸鉀、黃 (藍) 色黏紙等，可將病蟲害的危害程度降低，也可利用生物防治法 (如草蛉防治蚜蟲、粉虱及薊馬等) 進行控制。
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