寫輪眼在忍界中是最強的瞳術，本身的能力就比白眼更強，白眼必須要配合使用者本身的體術使用，否則就是單純的觀察眼，寫輪眼卻有各自獨特的能力，僅僅眼睛本身就極具威力。
但這樣強大的力量同時也意味著巨大的代價，主要有這麼三點：
1.查克拉消耗過度
除了極個別的特殊忍者（比如凱和小李）之外，絕大部分忍者的忍術都需要查克拉來塑造，查克拉見底了就等於戰敗，寫輪眼恰恰就極其消耗查克拉。卡卡西多次因為使用寫輪眼而累倒在地，伴隨著「不能動彈」「臥床不起」等等狀態，持續作戰能力堪憂：
別以為這只是因為卡卡西沒有宇智波血統的緣故，宇智波一族的天才宇智波鼬，早期也曾有過用完了天照和月讀就渾身大汗不得不逃離戰場的例子，同樣是查克拉消耗過度的結果：
2.進行性失明
就算克服了查克拉消耗量巨大這一點，所有擁有寫輪眼的人又要面對另一個困難：寫輪眼會隨著使用次數的增加而漸漸視線模糊，最終的結局就是失明。鼬的眼睛在普通狀態下已經很模糊了，卡卡西的那一隻也同樣如此：
克服這個困難的唯一辦法就是把血親的寫輪眼移植到自己的眼睛裡，這意味著兩個宇智波人里才能誕生出一對不會失明的寫輪眼，成材率太低！
3.誘導墮落
其實這第三點才是寫輪眼最可怕的副作用——寫輪眼會誘導族人墮落！
寫輪眼的力量太過強大，這種強大必須要通過強烈的愛轉化為強烈的恨來激活，這就是「殺死至親才能開啟萬花筒寫輪眼」這一傳言的真相：
克服失明的方法，也在誘惑著每一個宇智波族人去奪取自己血親的眼睛：
還有族內的各種禁術，包括伊邪那歧這種改變現實的奇特幻術存在，讓很多人有了不該有的想法。為什麼宇智波一族在二代火影眼裡一直不被信任？因為二代火影深知人性在強大的力量面前會有多麼扭曲。宇智波斑也是因為寫輪眼而被黑絕誤導走上了絕路，這些「誘導」才是擁有寫輪眼之後最可怕的代價，一不小心就會踏足深淵