1995年1月底一艘被我海軍釋放的菲漁船船長向菲政府報告：他和他的船*在美濟礁被中國軍隊拘留了一個星期，而且，中國正在美濟礁修建建築物，中菲爭端由此開始。2月2日，菲律賓軍方即派一艘巡邏艦和一架偵察機到美濟礁證實這位漁船船長的報告，結果發現礁上有中國的建築物。
2月8日，菲律賓總統拉莫斯就此事發表講話，聲稱菲律賓政府已通過了一份措詞強硬的「備忘錄」，對中國軍艦出現在美濟礁提出抗議。他指控中國軍艦「侵入」菲律賓聲稱擁有主權的南沙海域，並在菲律賓「所屬」的美濟礁建造軍事設施。譴責中國的行動是「違反國際法和1992年馬尼拉東協會議有關南中國海宣言的精神與要旨」。
1998年11月，菲律賓偵察機拍到的，向美濟礁運輸物資的「瓊運936」號貨船
菲國防部出示一些中國軍艦在美濟礁附近的照片，其中包括一艘玉勘級兩棲登陸艦和一艘大志級潛艇支援船。另外，菲還出示一些照片顯示，中國在美濟礁上建造了4個建築*，每個建築*都有鋼*支撐(按我們現在的叫法就是第二代高腳屋)，因為美濟礁會在長潮時被海水淹沒。
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當時，我國先後在美濟礁4個方向共修建了13座2代高腳屋，這種高腳屋已經具備基本防守能力。
1999年3月，菲律賓偵察機拍到的美濟礁上建築。
對於菲律賓政府的這些指控，中國外交部發言人陳健解釋說，中國在美濟礁上的建築，是「為了保護在南沙海域作業的漁民的生命安全，是一種生產設施」，「中國方面從無拘留，也無逮捕任何菲律賓船隻，也沒有在美濟礁上建立任何軍事基地」。
然而，菲律賓方面無視這些解釋，隨即做出軍事反應，把所有的戰鬥機調到南沙*島，在卡拉延增加駐軍。並於三月底出動海軍，把中國在五方礁, 仙娥礁，信義礁，半月礁和仁愛礁等南沙島礁上設立的測量標誌炸毀。
甚至派出海軍巡邏艇，在空軍飛機的支援下，突然襲擊了停靠在半月礁附近的4艘中國漁船，拘留了船上62 名漁民，指揮他們「非法進入菲律賓專屬經濟區捕魚」，「非法破壞海洋自然環境」(註：盛力軍：《中菲南沙之爭的危險發展》，載《明報》月刊，1995年5月號)。
5月13日，菲律賓軍方蓄意將爭議升級，組織了38名本國與外國記者，分別用船隻和直升飛機載運到美濟礁進行所謂的「採訪」，企圖使美濟礁事件引起國際上的關注。
1999年3月，美濟礁上新落成的建築
然而，當載有這些記者的船隻駛近蘭媒?企圖強行進入美濟礁時，正在這裡執法的中國南海區漁政漁港監督**局「中國漁政34號」船接到上級命令，要將對方攔截在美濟礁8海里之外，萬一不行，將不惜一切代價將34號船打橫、沉沒於美濟礁主航道中，誓死不讓敵艦進入美濟礁。
此時，34號船全體船只有一個念頭：「人在、船在、礁在、國旗在」。他們與對方配有兩架武裝直升機的登陸艦和配有7門大炮的護衛艦周旋了8個多小時，近距離對峙70分鐘.......