大清王朝自1840年之後逐漸病入膏肓，古老的帝國飽受各國列強欺凌。其中，最大的領土危機在北方，尤其北極熊俄羅斯，數十年間通過各種不平等條約鯨吞了中國150萬平方公里的土地，並直接導致中國喪失了東北方向的出海口，而羸弱的滿清政府對此無能為力。
清末局勢圖
北極熊夢寐以求的黃俄羅斯計劃
新疆淪落
1860年代，中國大地戰火四溢，從南方的太平天國，到陝甘回民暴亂，以及華北捻亂等，一片亂局之中，西北部分割據勢力趁機起事，相互攻伐。其中，喀什噶爾的封建主金相印為了兼并漢城（今疏勒），向浩罕汗國求援，結果，潔罕汗國大將阿古柏率大軍於1865年侵入南疆。阿古柏在南疆地區大肆攻城掠地，不斷擴充勢力，並勾結英俄兩國，獲取兩國的大力支持。到1870年，阿古柏控制了整個南疆和北疆的部分地區，而沙俄也趁火打劫侵占了伊犁地區，英俄兩國在新疆獲得了通商、駐使、設領事等特權，新疆面臨被肢解分裂出去的危險。
阿古柏操練軍隊
海防塞防的爭執
當時，對於新疆要不要收復，清朝政府內部意見不一，此時，太平天國運動平息沒多少，整個江南、華南被打成了一片廢墟，各國列強趁機不斷在華東華南割據租借、劃分勢力範圍，而被打殘的清政府面臨先對付海上威脅還是先解決新疆問題，李鴻章一派認為新疆相對不重要，遠離中原地區，對統治沒有多大影響，但是西方列強從海上而來的侵略卻危及統治中心，因此認為海防重要，需要集中人力物力財力；而左宗棠一派，認為「海塞並重」，並且將新疆的防務直接聯繫到了清朝京師的防務上，即「保京師必保蒙古，保蒙古必保新疆」，這個問題牽動了清廷敏感的神經。最終，慈禧太后力排眾議，任命左宗棠為欽差大臣，決定收復新疆。
左李鴻章，右左宗棠
左宗棠收復新疆
從1875年5月清廷任命左宗棠督辦新疆軍務開始，到1881年收復被沙俄占領11年的伊犁地區，並在1884年正式成立「新疆省」，期間左宗棠主持新疆軍務5年半時間。
打仗最花的就是錢，由於鴉片戰爭後面臨「千年未遇之變局」，清廷財政上捉襟見肘，左宗棠非常艱辛的先後籌款5400萬兩白銀左右（含向洋商的借款本息），同時，左宗棠加緊採運軍糧、購置槍炮、彈藥、整頓操練軍隊，編組了一支6萬餘人的作戰部隊。
收復新疆
1876年3月，左宗棠從蘭州移駐肅州，制定「緩進速戰」、「先北後南」的作戰方針，命道員劉錦棠總理行營營務，率湘軍25營主攻烏魯木齊；提督徐占彪和張曜各率所部駐守巴里坤至哈密一線，防敵北竄東逃。阿古柏聞訊，以馬人得、白彥虎（均系陝甘回民義軍首領，失敗後逃新疆投敵）防守烏魯木齊等北疆要地，阻擊清軍；一部兵力守勝金台、辟展（今鄯善）一線，防清軍從天山南麓進攻；主力2.7萬人部署在達坂城、吐魯番和托克遜。
收復新疆
6月初，劉錦棠率部抵古城（今奇台），會合烏魯木齊都統金順部，於8日進扎阜康。白彥虎派兵拒守。劉錦棠、金順軍在大路佯動，21日夜沿小路偷襲黃田，24日進圍古牧地。28晨，清軍轟坍城牆，突入城內，全殲守軍數千人。翌日晨，清軍向烏魯木齊疾進，白彥虎等棄城南逃。爾後,金順率部西進，連克昌吉、呼圖壁，九月底克瑪納斯。時臨冬季，劉錦棠籌糧整軍，準備進軍南疆。
左宗棠收復新疆
1877年3月，張曜、徐占彪與劉錦棠收復吐魯番全境，阿古柏氣急暴病而死，其長子伯克·胡里繼位，令白彥虎防守喀喇沙爾（今焉耆）、庫爾勒等地，但清軍此時已成勢如破竹，9月一口氣收復南疆東四城（喀喇沙爾、庫車、阿克蘇、烏什）及附近各城鎮，伯克·胡里、白彥虎逃往俄境。隨後，左宗棠積極部署進軍伊犁。沙俄懾於清軍威力，在清廷多次交涉下，於1881年歸還了伊犁地區。至此，新疆166萬平方公里土地回歸朝廷，粉碎了英、俄吞併新疆的陰謀，最終維護了中國的領土完整。
左宗棠收復新疆