康熙元年（1662）6月16日，鄭成功感了風寒，還天天強上登將台遙望澎湖列島。23日，登台望過，回到書房，恭閱太祖祖訓，到第三帙，嘆道：「吾何面目見先帝於地下！」兩手攀面而逝，時年才39歲。
成功死後，長子鄭經嗣立。康熙三年（1664），清軍進攻，鄭經棄廈門而去台灣。
三藩之亂起，耿精忠向鄭經乞援，許以割讓漳、泉二州。鄭經於是派人來，跟耿軍合攻廣東。後來，耿精忠食言，鄭、耿間又以兵戎相見。精忠聽說朝廷不再強迫自己撤藩，又恐受到清軍和鄭軍的夾擊，康熙十四年（1675），便派兒子顯祚向清軍獻出吳三桂給他的「總統」印，投了降。但是，鄭經卻仍占駐廈門，並在汀州、邵武及沿海一帶，糾集舊部，反對清朝。鄭經此時所為，客觀上配合了三藩之亂，已不符合人民要求安定的願望了。
康熙十八年（1679），正當清朝集中全力對付湖南、廣西的叛軍時，鄭經卻叫劉國軒圍攻海澄，消滅了都統穆赫林等率領的三萬清軍，乘勢攻下漳平、長泰、同安等地，進圍漳州、泉州。只是在清軍破了岳州，調來水師，並招降了他的大批官兵，攻取廈門之後，鄭經才於康熙十九年（1680）退回台灣，但仍派劉國軒守著澎湖。
康熙二十年（1681），鄭經死，一些臣小襲殺了他的長子鄭克臧，把12歲的鄭克塽扶上台，侍衛馮錫范專權，人心不服。這一情況，使已經平定了三藩之亂的清朝下定了統一台灣的決心，復了施琅福建水師提督之職，加封他為太子少保，叫他率領水師。
施琅是福建晉江縣人、初為鄭芝龍部的左衝鋒。順治三年（1646）與芝龍同降清朝，為清朝打過廣東的南明肇慶政權。後被鄭成功所俘，為成功打過漳浦、雲霄、詔安等地，是清軍的一個勁敵。順治八年（1651），其部一個軍校犯了軍令，當斬，成功勸阻，他堅決不聽，成功很不滿意，他於是第二次投降清朝。成功殺了他的父親，使他更堅決地反鄭了。清朝很信任他，起初任命他做知縣，後來又叫他當總兵。康熙元年（1662），朝廷還提拔他做福建的水師提督、左都督加級靖海將軍、內大臣。他不但熟悉台灣水道，而且作戰勇敢、態度堅決。
康熙二十一年（1682）8月，慧星現，戶部尚書梁清標嚇壞，建議朝廷緩徵台灣，施琅力主可征，朝廷才同意。
據守澎湖的劉國軒，眼見台灣政治大不如前，預感前景不佳，乃於康熙二十二年（1683)6月，派黃學上書康熙皇帝，請求像朝鮮那樣入貢。玄燁說：「你們是中國人，不得跟朝鮮比，趕快悔罪歸誠才是出路！」劉國軒不聽，繼續堅持分裂。7月，施琅請得戰艦三百、水師二萬，決定進攻澎湖，然後直搗台灣。朝廷對他表示極大的信任，允許他獨自率兵出發。
施琅揮軍直搗澎湖，攻克了花嶼、貓嶼和草嶼，乘南風進泊八罩。劉國軒早在澎湖沿岸構築了堅固的土壘、土牆，還設置了大炮，親率軍兵二萬泊於牛心灣，又別屯軍兵一萬於雞籠嶼以為犄角之勢。施琅初戰不勝，就派藍理為前鋒又戰。劉國軒命曾遂率軍大戰藍理，自晨至午，勝負未分，曾遂發炮擊中藍理，藍理腹破腸出，倒而復立，大吼：「藍理在，曾遂死矣！」軍威大振，曾遂戰艦被擊沉兩艘，潰敗回岸。夜裡，海風大作，清艦被刮飄散，劉國軒揮兵圍攻，施琅親督大艦沖圍，不料敵箭射中了他的眼睛，有個叫曹傷的大個子軍士上前扶救包紮，鮮血還是從手帕外滲出。但施琅仍是堅持指揮，衝破敵圍，斬殺敵兵三千，拿下了虎井等嶼。
接著，施琅決定分三路進兵：50艦進攻西邊的牛心灣，50艦攻擊東邊的雞籠嶼、四角山，自督戰艦八隊56艘，並以戰艦80艘繼後，直衝敵軍中路。每路又各分三隊，各自為戰，從太陽出來的時候激戰到夕陽西下的時分，終於焚、毀敵艦100百來艘，攻下澎湖。劉國軒逃回台灣。
施琅乘勝麾軍直入鹿兒島。12天後，海潮大漲，施琅又麾軍登岸。馮錫范、劉國軒挾鄭克塽薙髮迎降，繳上了「延平郡王招討大將軍印」。這一天，是康熙二十二年（1683）10月8日。
康熙皇帝聞捷，賦詩賀功，並封施琅為靖海候。施琅上書辭爵，只要求賞給花翎頂戴。康熙破例地同意了。
施琅攻下台灣，並不報成功的殺父之仇，卻上疏求封克塽等人。康熙皇帝封鄭克塽為公，劉國軒、馮錫范為伯，均隸上三旗。施琅還含恤茹痛，捐棄殺父之仇，嚴禁殺人。他說：「我這樣做，是以國事為重，不敢私顧呵！」
台灣回歸後，有人主張遷其人、棄其地，施琅堅決反對，上書說：台灣關乎四省要害，不加強管理，不僅不利於統一安定，而且還可能導致外國侵略者乘隙復據。康熙皇帝同意了他的意見，於康熙二十三年（1684），置台灣府，設諸羅、台灣、鳳山三縣（後將諸羅南部分為彰化縣），屬福建布政使管轄，澎湖則設了廳。
台灣的收復，使清朝實現了全國的統一，加強了台灣人民和大陸人民間的聯繫。台灣及其所屬的澎湖列島、釣魚島等一百多個大小島嶼，和舟山群島以及海南島所屬的南沙、西沙等群島，構成了守衛祖國海疆的海上長城，也成為祖國和太平洋地區各國、東南亞以及印度洋地區各國經濟、文化友好往來的橋樑。