作為一部完整的故事，不可能全都是歡聲笑語，合理的黑暗面也讓故事更加生動起來，那麼在忍界之中，曾經出現了哪些體現黑暗的情節呢？
自相殘殺
忍者也是人，也充滿著對權利的渴望，雖然都是同村的居民，但因政見不一，當權者為了鎮壓反叛者，手段可謂血腥至極，霧隱村的輝夜一族與木葉的宇智波都因政變而被屠戮全族，沒有對錯之分，但確實證明忍者世界沒有正義一詞。
拷問忍者
因為不同的群體、不同的利益，每個忍村都會想方設法的獲取地方的情報，木葉村的森乃伊比喜曾經追擊霧隱村情報忍者，鬼鮫因此屠殺所有夥伴，伊比喜十分擅長拷問術，伊比喜也曾被抓，接受嚴酷拷問。
活體實驗
為了獲得領先忍界的新能力，每個忍村都會開發各種忍術，當然，禁術也在範圍之內，就算是作為主角的木葉村更是擁有最多的禁術，這些禁術的代價很大，甚至木葉也曾有綁架孩子進行柱間細胞移植的情況發生，多數嬰兒死亡。
動輒殘廢
在對決之中，因為大威力忍術的原因，大部分忍者在戰爭中都會留下一些紀念，很多忍者因此而殘廢，音隱村薩克被自己的空氣炮震斷雙臂，自來也對決佩恩被斷去一臂、喉管碎裂，以此告訴讀者，戰爭都是血腥的。
貪腐邪念
雖然在忍者世界中，金錢的作用被無限縮小，但是角都曾經為了賞金擊殺陌生人、西瓜山河豚鬼將情報出賣給其他忍村等，而飛段作為邪教徒更是弒殺，彰顯了邪教的本質。
眾口鑠金
旗木朔茂作為木葉村曾經的英雄，完成過很多任務，但是因為一次任務失敗，便被全村人責難，只得自殺，角都作為瀧忍，為了忍村而暗殺初代火影，失敗回村後卻要遭受嚴厲的懲戒，只能叛逃出村。
動漫先生公眾號；dongmanxiansheng，長按複製，福