秦瓊作為民間的門神之一，向來以忠誠、仗義、勇武著稱，是唐初重要的軍事將領。秦瓊戎馬一生、南征北戰，為大唐立下了赫赫戰功，但他的晚年生活卻並不是十分如意。除了身體因素，一個極為重要的分水嶺便是玄武門之變。
關於秦瓊是否參加了玄武門之變，史書中有著不同的記載。在《舊唐書》中，記載著秦叔寶跟隨李世民參加了玄武門政變，但並沒有記錄他在事變中有任何勇武過人的表現，也找不到他積極幫助李世民謀劃政變的隻言片語。只是在政變成功後，記錄著封賞食邑七百戶。而在其他史書中所列舉的參加者名單中都沒有他的身影。
這樣兩種不同的記載，便使得秦瓊是否參加玄武門之變，成為了一個謎。不過從其它事中，也可以窺出一絲端倪。
玄武門事變前：秦瓊的功業、勳爵、職位、賞賜均高出尉遲敬德、張公謹、侯君集等人很多。
玄武門事變後：秦瓊得到的封邑七百戶，而尉遲敬德得到封邑一千三百戶，就連張公謹、侯君集也得到封邑一千戶。其中，我們不得不承認，尉遲敬德確實是在玄武門事變當中表現最英勇、最出色的一人，再加上他多次上演單騎救秦王。但秦瓊的封邑也確實是功臣中最少的。
在參加政變前，秦瓊是大唐極為重要的一員將領，官至右三統軍，被李淵封為上柱國，多次戰役中都表現英勇。而玄武門政變成功後，秦瓊貌似退出了政治權利的核心，直至貞觀十三年去世，整整十三年中，並未見秦瓊再有任何表現。當然，我們不能排除他的身體因素，因為年連的征戰，傷痕累累。
總體來說，秦瓊應該沒有參加玄武門政變，而是像李靖一樣保持了中立態度。在貞觀十七年，被列入凌煙閣功臣，排名最後一位也是一個佐證。
關於秦瓊的死，在史書中明確記載著病故。而民間的傳說中，秦瓊卻是受詛咒而亡。相傳秦瓊在教受他的表弟羅成秦家鐧法時，發誓若有隱瞞便吐血而亡。但他教到最後一招時，卻保留了「撒手鐧」（又稱殺手鐧）。此賭咒發誓多年後果然應驗，晚年在與尉遲恭比武奪印時，因舉鼎而吐血身亡。