在詭譎多變，風雲激盪的清末時期，甘肅有這麼一隻軍隊，以「甘肅」為名，號稱「甘軍」，這隻軍隊配合左宗棠平定了清末阿古柏之亂，收復了新疆；駐守新疆19年，禦敵戍邊，興修水利，開墾屯田，整修道路，政績卓著，贏得朝野讚譽；中日甲午戰爭爆發，甘軍奉旨率入衛京師；義和團時期，更是讓慈禧太后朝會上更是拍著龍椅大叫「若團民不可依仗，我獨恃董福祥！」，而董福祥就是甘軍的首領。
漸具雛形——出生草莽的甘肅西北健兒
說起甘軍，就不得不提董福祥，董福祥，1840年1月8日－1908年2月9日，字星五，今天甘肅慶陽環縣（當時屬寧夏固原）人，清末著名將領，官至太子少保、甘肅提督、隨扈大臣，賜號阿爾杭阿巴圖魯。
董福祥的家庭是一個資深且勢大的哥老會成員，董福祥從小就呈現出適合亂世生存的性格特徵：好勇鬥狠，但是有任俠好義，為人很有謀略。在清末的亂世風雲里，他逐漸壯大自身勢力，逐漸拉起了一隻萬餘人的隊伍，裝備著那個時代中國軍閥中較為先進的武裝，「甘軍」這隻由西北健兒組成的軍隊漸具雛形。
登上歷史舞台——被左宗棠收編組成「甘軍」
1865年春﹐中亞浩罕軍事頭目阿古柏在英國的支持下，入侵新疆。對此，當時的清政府分為兩派，一派以李鴻章為首，主張綏靖政策，緩緩圖之；另一派則以左宗棠為首，主張武力收復新疆，維護國家統一，後來在國內外各種因素的影響下，慈禧太后為首的清政府採納同意了左宗棠的意見，決定武力收復新疆。
1867年（同治六年），左宗棠以欽差大臣督辦陝甘軍務，收編董福祥的軍隊，將其所部民軍改編為甘軍，後來將招降的馬占鰲、馬福祥等回民編入甘軍。後添募四營，增足二十營，駐山陝一帶。又再募十營，以厚兵力，兼為策應之師。至此，甘軍正式登上了歷史舞台。
「我獨恃董福祥！」——甘軍在義和團時期的輝煌與落幕
20世紀初，當時京津一帶爆發了規模很大的義和團運動，清軍中一些將領和義和團的關係很密切，董福祥就是其中之一。
1900年，庚子事變爆發，慈禧太后召董福祥入京。6月11日，董部奉命開入永定門，處死了日本使館書記生杉山彬。事後，載漪稱董福祥是了不起的好漢。
6月20日，沒有大炮只有土炮的董福祥部圍攻東交民巷的使館區，而按下自己有德式裝備的武衛中軍。自6月20日至6月23日一連四天每日發炮三百多發，但無法對使館區造成大損害。6月28日，甘軍又恢復攻擊，其後打打停停五十餘日直至8月14日，始終未能攻下使館區。
8月14日，八國聯軍自通州攻打北京，董福祥率軍抵抗，擊斃沙俄軍團長安寧科夫，擊傷其將軍。慈禧太后發出了「「若團民不可依仗，我獨恃董福祥」！的豪言壯語，又是賞「紫禁城騎馬」，又是賞「紫嗉貂褂」，藉以籠絡董福祥。
可是形式急轉直下，八國聯軍將腐朽的清政府打得無招架之力。8月15日，慈禧攜光緒帝西逃，董福祥擔任隨扈大臣。10月26日抵達西安。
後來就是大家都知道的，清政府與八國聯軍簽訂了喪權辱國的《辛丑條約》。董福祥被八國指控為「首凶」，要求清政府將其處死。慈禧因其護駕有功，百般回護，最終以革職永不敘用論處。董福祥對此一決定非常不滿，一度計劃自行招募軍隊赴山西繼續戰鬥。慈禧恐其破壞和談，令光緒帝賜其手書「他日聞鼙鼓思將帥，舍爾其誰屬哉」，要求他守時待變，以圖再舉，董福祥方才回鄉隱居。
而隨著董福祥的歸隱和國內外形式的劇變，甘軍也慢慢地退出了歷史舞台，走向了消亡。而在西北逐漸成長並成為最大勢力的，就是由董福祥一手提拔起來的前文提到過的馬占鰲等人組成的「西北馬家軍。」