1.曉
曉最初只是個由3個妄圖改變世界的年輕人組成的組織。
因為在那個終年戰爭的雨隱村，有太多渴望和平的年輕人，於是曉迅速發展壯大。
就算在這個時候，曉依然是崇尚和平的組織……直到已經墮落的「忍界巔峰」半藏與團藏聯手剿滅曉為止。
因為半藏的陰謀，以及團藏的現身，彌彥死了，長門也終身殘疾，而且被勾起了幼時的痛苦經歷。
從那時候開始，曉正式成了恐怖組織，開始招收強大的叛忍而不是崇尚和平的年輕人，最終成了危害和平的可怕存在。
如果當時的半藏沒有墮落，對於曉的存在給予一定程度上的鼓勵，就像當年他鼓勵三忍一樣的話，說不定曉不會成為恐怖組織，反而會成為世界維和部隊。
2.音忍者村
音忍者村是大蛇丸脫離木葉後自行創立的忍者村。
因為沒有歷史沉澱，這個忍者村不管是基建還是名氣都沒有其他忍者村那麼好。
在外人眼裡，他們是「小忍者村」。
但可以預見，有大蛇丸這樣的領導人，音忍者村如果能有一定時間的發展，一定能迅速崛起，相信大蛇丸也是這麼打算的。
可惜在中忍考試時，大蛇丸被死神帶走了雙手，此後他就一直被雙手的病痛折磨，不停更換身體、隱藏在地下據點等待佐助成長完畢，完全沒心思打理音忍者村。
於是從那以後，音忍者村再無音訊，直到完結都沒有消息。
3.蛇/鷹
蛇小隊和鷹小隊，指的都是以佐助為領導人的香磷、重吾、水月小隊。
這幾個人沒一個是善茬，香磷是漩渦一族後人，重吾天生能吸取仙術能量，水月有家傳秘術、而且家族成員不是忍刀七人眾就是水影。
如果使用得當，這幾人絕對是非常好的組織基礎。
可惜佐助當時不管幹什麼都三分鐘熱度，殺了大蛇丸後就自稱蛇小隊，目標是殺了哥哥，殺了哥哥後就自稱鷹小隊，目標是毀滅木葉，結果跟歷代火影談了談，又要保護木葉。
目標太近或者太不堅定，讓這個小隊始終迷惑在各種選擇中，最終大結局時，佐助已經不再是小隊領導，而是孤身闖蕩世界去了。