1、替身術之謎：替身術前期被廣泛運用，但是如此強大的技能到中期便完全消失了，可能是AB覺得此技能太過強大。
2、寫輪眼之謎：前期寫輪眼有著強大的複製能力，不僅是複製忍術，還能用在考試作弊上，但是中期此能力便消失，可能是後期厲害的忍術無法複製，但此能力徹底消失還是很想讓人吐槽。
3、幻術之謎：幻術、體術、忍術，是三大基本的術，但火影當中除了YOU可稱為是幻術高手之外，90%的忍者都不會幻術，幻術出場率還沒有仙術高。
4、女主定位之謎：小櫻的定位不得不說太尷尬了，從情感上去說，鳴人用了10多年幫助自己最愛的女人找回了她最愛的男人，而且一開始不難看出AB想把小櫻刻畫成一個精通幻術的忍者，包括卡卡西也經常感嘆小櫻有幻術天賦，結果變成了醫療忍者。。。。。
5、佐井定位之謎：佐井的出現個人認為對整個劇情的發展起不到任何的意義，還占用了那麼多期的更新時間，從頭到尾打醬油。
6、止水之謎：從疾風傳中不難看出，止水在有萬花筒之前就擁有能看透別人心思的能力，更何況是有了萬花筒，團藏確實很強，但止水就這麼一個不小心讓人搶走了眼睛實在有些說不過去。
7、天照之謎：天照剛出現的時候AB各種渲染此技能有多厲害，但是從頭到尾就殺死過白絕，其他的時候都被人各種破解，很無奈。
8、香磷能力之謎：不多說了，就算是旋渦一族這也太誇張了。
9、神威尷尬之謎：神威！神一樣的幻術！但是跟天照一樣，只要是在關鍵時刻不是打偏就是失效。。哎。。浪費了這隻好眼睛。
10、反面角色之謎：看到最後，所有反面角色都被強行洗白，輝夜也只是個被孩子背板的可憐母親，黑絕是個為了救母親忍辱負重的大孝子，其他人都是為了通過自己的方法實現和平世界的有志青年，看到最後已經不知道敵人究竟是誰了。