光緒皇帝死亡20小時後，慈禧咽氣。許多人認為，是慈禧太后臨死之前怕光緒皇帝復出掌權，翻歷史陳案，故而謀殺了光緒。那麼光緒是被人害死的嗎？
天下傳言是慈禧與太監李蓮英毒死了光緒。科技揭開了光緒死亡的秘密：檢測發現光緒皇帝被人用砒霜毒死，屍骨中光緒發現了砷。
光緒在瀛台被囚禁時期，鬱悶中開始記日記。一日，他寫道：「我病了，但我內心感到我將比老佛爺活得長。一旦那樣，她一死我就發出諭旨，要將頭號叛徒袁世凱斬首。只待太后一死，我還要降旨用同樣的方法處死李蓮英。」
陰暗中，有一雙陰鷙的眼睛看到了這句話。這個人就是李蓮英。
慈禧太后曾經的親密侍從女官德齡在《德齡億慈禧》中寫道：「萬惡的李蓮英眼看太后的壽命已經不久，自己的靠山快要發生問題了，便暗自著急起來，他想與其待光緒掌了權來和自己算帳，不如還讓自己先下手為好。經過幾度的籌思，他的毒計便決定了。」
據德齡記載：光緒之死，是在慈禧同意下，由李蓮英下毒所致。
李蓮英向慈禧告密光緒日記中的想法，慈禧親命李蓮英專一負責光緒的身體，李蓮英按照計劃把光緒皇帝打發上路了，在光緒還沒有完全斷氣之前，就給他穿上了壽衣。
11月3日，慈禧太后拉肚子已經好幾天了，太醫束手無策，此時的太后，應該覺得可能自己這次要作古了。慈禧一定要拉上光緒陪她上黃泉路。
11月13日，以光緒帝名義命醇親王載灃之子溥儀在宮內教養，入上書房讀書，授載灃攝政王。這是光緒死前頭一天發生的重大人事變動，病重的太后像是「預測到」光緒馬上要死去。
14日光緒帝逝，即命溥儀為同治帝的嗣子，同時兼光緒帝的嗣子，承襲同治帝皇位，由溥儀之父載灃當攝政王監國，掌管全國的軍政大權。
15日，慈禧太后頒發懿旨：「予病勢危篤，恐將不起。嗣後軍國政事，均由攝政王裁定。」隨即崩逝。
從光緒死到太后死，僅僅20小時，慈禧將帝位交接這種複雜、重要的工作有條不紊地進行好，說明這一切都是早就策劃好的。
曾給光緒看過病的醫生認為光緒身體正常，並未突發急性致死的病症。醫官屈桂庭說光緒死前3天「在床上亂滾」，「向我大叫肚子痛得了不得」，且「面黑，舌焦黃」，「此系與前病絕少關係」。
光緒死後，一反常規，穿戴入殮都由宮內太監一手包辦，未讓內務府插手。
雖然德齡對慈禧有好感，但德齡還是公正地說道：「我竭力袒護老佛爺，可是對於她之經常虐待光緒，以及她謀害光緒性命的事，我卻無法替她找出絲毫藉口。」
末代皇帝溥儀在《我的前半生》書中說：「我還聽見一個叫李長安的老太監說起光緒之死的疑案。照他說，光緒在死的前一天還是好好的，只是因為用了一劑藥就壞了。後來才知道這劑藥是袁世凱使人送來的。」
光緒之死是註定的，在慈禧眼裡他必須死。
在慈禧死亡之前4年，外務部右侍郎伍廷芳，在1904年就對日本公使內田康哉說：太后駕崩時，太后的實權人物會慮及自身安全而謀害皇上，光緒隨時會遭遇不測。伍廷芳是指袁世凱、李蓮英必定要謀害光緒。伍廷芳沒有說太后要謀害光緒，但準確地預言到了「在太后死之前光緒必然要被謀害」。
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