第1集：我家的丈（あしたのジョー）
第2集：魔神Z、機動戰士高達－逆襲的夏亞
第3集：機動戰士高達
第5集：機動戰士高達Z、網球王子
第9集：龍珠
第11集：宇宙戰艦大河號
第12集：Di Gi Charat
第13集：火影忍者
第14集：阿螺（サザエさん。日本無人不知的一部動畫）
第15集：光速蒙面俠21、巨人之星
第17集：鼻毛真拳
第18集：魯邦三世、北斗神拳
第22集：阿螺
第23集：我的老婆是魔女（奧さまは魔女）
第25集：涼宮春日的憂鬱、玻璃假面、機動戰士高達、===//此處為禁止詞語//===、北斗神拳
第28集：第一神拳、美味關係、小雙俠（ヤッターマンYatterman）、魔卡少女櫻
第30集：富豪刑事、金田一少年事件薄、名偵探柯南、極道鮮師
第32集：高智能方程式賽車SAGA
第33集：天空之城、城市獵人
第34集：電車男、街頭霸王
第43集：火影忍者、機動戰士高達、新世紀福音戰士
第44話：魁!!男塾、火影忍者疾風傳、聖鬥士星矢、底特律金屬城市（Detroit Metal City）
第45集：哆啦A夢、涼宮春日的憂鬱
第46集：機動戰士高達
第47集：隔壁的屁怒絡算不算是在EG「隔壁的豆豆龍「龍貓」呢????名字上!!!!」
第49集：賭博默示錄
第50集：BLEACH、海賊王、羅馬假日、羅密歐與朱麗葉、光之美少女、龍珠、機動戰士高達、逆襲的夏亞、黃飛鴻
第62集：網球王子
第89集：BLEACH
第92集：驅魔少年
第93集：奧特曼
第97集：魯邦三世
第98集：超級瑪麗、心跳回憶「名字而已...」
第100集：BLEACH、火影、DEACH NOTE、龍珠、海賊王
第102集：COSER、BLEACH、阿斯蘭、魯路修、
第106集：小羅
第109集：A計劃
第110集：越獄
第113集：風之谷
第115集：井上雄彥、new jeanpan女主播、小林盡、B'z搖滾樂隊、天空之城、桃太郎、七龍珠，貌似還有致命60秒。。。
第117集：七龍珠、阿姆羅 你在哪、SLAMDUNK、168IT卡帶式遊戲機、研直子、谷村新司
第118集：龍珠。。。。話說空知猩猩。。。你有龍珠情結嘛？？？
第119集：奧特曼、地獄少女、joyloy顛垠凌、健陀羅
這是一個很早的回答，不過從這裡就能看出銀魂里其他動漫不計其數。
之後翻看貼吧，又有小夥伴揪出了jojo的梗。如下圖：
第二季完結大家要求新吧唧切腹謝罪的時候
阿布新八！
除此之外，替身溫泉吐槽了擬聲詞 白金之星直接出境 女主人打人時還歐拉歐拉的 ；某集提到修煉 背景出現了二喬西撒爬柱子的樣子；幫大猩猩畫漫畫那集 出現了荒木 還吐槽他完全沒有變老 這些也都是jojo梗。