海賊王漫畫連載到828話，動畫播放到744集，很多海迷難免有跳躍的看，不同的人理解程度也不一樣，於是就會產生很多意見分歧。
來看看下面這幾個問題，是經常爭論最多的：
一、路飛是羅傑兒子。
路飛是龍的兒子，龍是卡普的兒子。這是漫畫明確告訴我們的。但是一些人非得說這是假的，路飛是露玖的兒子。。可是你們忘了嗎？艾斯臉上的麻子是遺傳誰的？就是露玖啊！而且路飛年齡也對不上。艾斯就是露玖、羅傑的兒子！
二、骨裂=敗北？
山治修煉回來以後，已經被被黑到吐。從劇中人來看，山治自己已經表示過，身體怎麼回事？怎麼受傷那麼嚴重？因為互換身體的時候，被娜美弄得半死（弄得半死！）。
其次，骨裂？烏索普大神表示：頭骨粉碎性骨折不也活蹦亂跳？頭骨骨折和腿骨骨裂哪個嚴重？頭骨骨折的人最後贏了還是輸了？山治除第一下意料之外，之後有沒再裂？海賊王里人的抗打擊程度有多大？路飛每次干Boss都受了多重的傷？贏了還是輸了？所以...
三、路飛胸前的傷疤是索隆弄的
這個觀點來自於動畫223集，路飛一夥被海馬吸食記憶，索隆用鬼斬砍傷路飛。但是，這個篇章是TV原創，漫畫里並沒有這個劇情。並且之後路飛也沒有傷疤。
路飛的傷疤，實際上是在頂上戰爭時，甚平帶著暈倒的路飛逃跑時，被赤犬的岩漿弄傷的。兩年後甚平跟路飛提到赤犬時，路飛還捂著胸前的傷疤，看似隱隱作痛。
四、鷹眼紅髮純劍術論；
這可以說是經久不衰的一個觀點。也不知道最開始是由誰謠傳的，以至於誤導了很多人。實際上，無論是漫畫還是動畫，從未講過這兩人劍術持平、切磋劍術什麼的，一直都是決鬥，並且不是翻譯問題，日語原文就是決鬥這意思。詳見漫畫96、434集，動畫45、316集。
既然兩人並非平手，鷹眼的實力究竟是什麼水平？
五、新世界自然系是垃圾
導致這個誤會其實有幾個原因。一方面，早期海賊王並沒有武裝色霸氣這個概念（注意，特指武裝色），以至於早期登場的自然系能力者給人一種很強大，無力攻擊的感覺，比如斯摩格、艾斯、老沙、艾尼路等。
也因為這個原因，老沙這個穩坐七武海二十餘年，二十歲左右挑戰白鬍子的強者，居然不會武裝色霸氣，被無檔路飛打敗了。但即使如此，路飛也是「死」了3次才換來一次戰勝老沙，所以老沙並不弱。
武裝色霸氣這個概念，大概等到水之都後篇，卡普打路飛的「愛之鐵拳」，才開始展現出來。
所以，兩年後來到新世界，很多人都會武裝色，能夠打到自然系，自然系不再無敵，加上兩年後的一個逗比自然系——濕發卡里布，其實把他放到兩年前的超新星11人里並不弱，但是跟新世界會武裝色的各位相比，都是被秒。導致一些人認為在新世界裡自然系是垃圾。
其實，自然系依然是相當強大的果實。能夠操控自然的力量，大範圍AOE群攻技能，武裝色只是能碰到自然系能力者本體，讓你有機會打到能力者，而不是說會武裝色就能贏自然系。