如果說金庸和古龍等武俠小說家締造了中國武林的武功，那岸本齊史等將日本忍者的忍術推向了一個體系內自洽的高度；如果說中國武林的武功之高低要追根溯源到武者的「內力」或「真氣」，那在《火影忍者》中「術」之強弱則立足於「查克拉」這一基本能量。
查克拉並非岸本齊史首創，其原型為印度瑜珈觀念中的「脈輪」，指分布於人體各部位的能量中樞。事實上，查克拉最晚在《聖鬥士星矢·海皇篇》中便已進入日本ACG文化的視野——當時「五小強」之一紫龍所對陣的海皇之子、海界三巨頭之一、印度海將軍克修拉，便可以通過激發體內七脈輪爆發出驚人的力量。不過在車田正美使用的是「昆達利尼」一詞而非查克拉，同時因為《聖鬥士星矢》的能量體系並不立足於脈輪，克修拉的出現頗有些「番外篇」的客串意味——在「小宇宙」時常爆發的世界觀下與查克拉類似的概念幾乎沒有存在感。
在《火影忍者》中，查克拉則是構建忍術體制的基石——需要注意的是，忍術只是三種基本術的一種，另外兩種分別是體術與幻術，更高端的更是需要引入「自然力量」的仙術。體術更接近於中國武俠世界中內功與外功的混合體，主要靠「身體能量」發動對敵人造成物理性傷害，這種單純對「身體能量」的使用基本上不消耗查克拉；而更多情況下，忍者會通過結合體內的「身體能量」（陽遁）和「精神能量」（陰遁）來製造查克拉，而後通過結印使用忍術與幻術。查克拉、三種基本術與仙術之間的關係可以大致抽象成以下公式：
體術=身體能量
忍術/幻術=身體能量+精神能量（兩者質變為查克拉）
仙術=身體能量+精神能量+自然能量（三者質變為仙人查克拉）
在印度瑜珈觀念中，身體能量來自於細胞，精神能量通過修行積累，然而通常情況下使用查克拉卻還需要一個必經步驟，那便是結印——也正是因為結印，《火影忍者》中術的變得更為底蘊深厚、趣味盎然。
五車五遁：真實忍術遭遇ACG忍術
需要強調的是，只有將身體能量與精神能量相結合才能形成查克拉，號稱「蒼藍猛獸」的邁特・凱雖然能開「八門遁甲」，但因為使用的是單純的身體能量（即體術），所以不需要查克拉。純體術流忍者在《火影忍者》中屈指可數，絕大多數情況下，交戰雙方的攻守都是基於忍術與幻術。
作為忍術與幻術的基本能量，查克拉也分為五種性質，分別是「火、風、雷、土、水」，以這五種性質的查克拉為基礎，《火影忍者》的忍術與幻術也分為「五遁」。「遁」，本為《周易》六十四卦中的第卅三卦，外卦為「干」代指天、內卦為「艮」代指山，因此通稱為「天山遁」，有隱匿之意。忍者以遁為忍術分類之名頗有深意。忍者的職能與武士不同，通常以刺探、暗殺為主，故行動與隱藏的能力比武功要重要的多——等到忍者必須亮出武器與敵人一決生死時，任務通常已經失敗，《火影忍者》中的「術」體系攻多於防、炫目多於低調，其實只是一種藝術手法。
「火、風、雷、土、水」的分類也很具有宗教色彩。中國早在黃老學說中便已出現「五行」的說法，佛教認知中組成世界的是「四大」即「地、水、火、風」，古希臘的恩培多克勒也曾提出相類似的「水、氣、火、土」四元素說。歷史上忍者的五遁以五行為基礎分為金遁、木遁、水遁、火遁、和土遁，與「火、風、雷、土、水」不完全相同；而且術如其字均指逃跑之意，遠沒有《火影忍者》中的「術」那般富麗堂皇。
最常見的水遁、木遁與火遁是指通過潛水、爬樹或扔帶有火焰效果的煙霧彈以脫身，金遁則是通過金屬製品反射光線而後乘敵不備脫身，最複雜的數土遁，需要事先挖好地道，在實戰中幾乎不具有可行性。五行遁術，一言以蔽之，便是使用身邊可以利用的一切條件脫身，因為世界主要由五種元素組成，所以自然也就成了五遁。
如果說是使用查克拉是體術與忍術/幻術的區別，那忍術與幻術則區別於對「身體能量」與「精神能量」的側重。忍術以「身體能量」為主，造成的依然是物理傷害；而幻術以「精神能量」為主原理是利用幻覺使敵人的精神崩潰，而造成身體上的不支。很多幻術基於「血繼限界」的瞳術而沒有屬性，而如「雷幻雷光柱」的雷遁幻術事實上正脫胎於現實生活中的「金遁」，並不是嚴格意義上的幻術。
《火影忍者》中的幻術以精神打擊為主，而現實的忍者的確有類似的系統——五車之術。
與五遁相仿，五車之術是一個「不明覺厲」，一旦了解便會覺得索然無味的名詞。五車之術指是其實是談話/談判的技巧，「五車」分為喜、怒、哀、樂、恐五種，即通過煽動、激怒、博同情、吹牛、恐嚇等手法攻破對手的心理防線。不得不說這些方式在日常生活交往中頗為有效，但與漫畫中玄而又玄的幻術相比則不免貽笑大方了。
以上忍術與幻術均立足於人體內部的查克拉，而在三種基本術之外還有一種仙術，這便需要來自於人體之外的「自然力量」。當把自然界的力量也吸收於身體內，並能妥善平衡精神力量、身體力量及自然力量三者的關係，就能使出仙術——話雖如此，《火影忍者》中能夠使用仙術的忍者並不多，論派別也只有蛤蟆的妙木山一系與白蛇的龍地洞一系與蛞蝓的濕滑林一系，也正對應著「三忍」自來也、大蛇丸與綱手。
而即使是強如自來也，也必須在身體上塗上蛤蟆油以增加感應「自然力量」的能力才能修煉仙術。仙術雖強，但也伴隨著高風險，如果在修煉中不小心吸入過多自然力量，就有可能失去人的身份而永遠變成蛤蟆，不過《火影忍者》中的出場的蛤蟆仙人均高壽，深作仙人和志麻仙人均八百餘歲——雖然也許少了一些樂趣，倒也不需要人為續秒了。
相對而言，體術無關於查克拉卻與帶有濃濃的中國色彩。體術大體分為剛拳與柔拳，前者又糅合了「八門」的概念，與中國的奇門遁甲秘術相通；而後者又糅合了「穴位」的概念。現實中的忍者也有「八門」，分為「骨法、氣合、劍術、棒術、火術、槍術、遊藝、教門」，是為忍者必修之術，與流派無關，也沒有太多神奇色彩。
九字真言：結印的道教密宗血統
《火影忍者》中，忍者通常通過進行十二種不同手勢的基本結印，可以創造出超自然的能力，使用各式各樣的術，而這十二種手勢對應的是十二地支，即「子、丑、寅、卯、辰、巳、午、未、申、酉、戌、亥」。歷史上的忍者的有一套獨特的結印，但卻與十二地支無關，手印也不是十二種，而是九種——其對應的口訣其實是「九字真言」，而這九字真言分別是「臨、兵、斗、者、皆、陣、列、在、前」。
九字真言又名六甲秘祝，本源於中國，其歷史遠比忍者的歷史要悠久得多。《抱朴子·內篇卷十七·登涉》中記載：
「入名山，以甲子開除日，以五色繒各五寸，懸大石上，所求必得。又曰，入山宜知六甲秘祝。祝曰，「臨兵斗者，皆數組前行」。凡九字，常當密祝之，無所不辟。要道不煩，此之謂也。」
九字真言最初的版本便是其中的「臨兵斗者皆數組前行」，並沒有相應的手印。後道教在發展中漸與佛教密宗「三密加持」相融合，逐漸發展出與九字真言相契合的手印。「三密加持」指身密、口密與心密，身密為手結印契，口密為口頌真言，心密為心觀尊佛。作為修行的方式，密宗的結印與真言數以萬記足以編成一本詞典，而與九字真言相對應的結印便是日後流傳到日本忍界的「忍者九印」，分別是「獨占印、大金鋼輪印、外獅子印、內獅子印、外縛印、內縛印、知券印、日輪印和隱形印」——只是在流傳的過程，九字真言卻發生了變化，最終日本修驗道及後來的忍者所採用的「版本」變成了「臨、兵、斗、者、皆、陣、列、在、前」。
九字真言的流變有極強的「國際」色彩。唐玄宗時代，善無畏、金剛智、不空三藏三位印度密宗大師至唐傳下密宗，這也正是日本頻繁向唐朝派遣遣唐使與派遣僧的同一時期。唐末，一法號為空海的派遣僧習得唐密傳入日本成為真言宗的開山祖師。真言宗又稱東密，在日本影響極廣，僅在四國便有八十八所與空海相關的寺廟，通稱為「四國八十八個所」，而巡拜四國八十八個所則稱為四國遍路、四國巡禮。值得一提的是，空海還是平安時代最優秀的書法家，與嵯峨天皇、橘逸勢合稱「三筆」，一道開創了日本每一時代選出三位頂尖書法家合稱「三筆」的慣例。
真言宗祖師最初在近畿地區（京都附近）的高野山傳教，相應的密宗法義與日本本土信仰漸漸融合，終於在鎌倉時代後期到南北朝時代形成了獨特的修驗道信仰。所謂修驗道，指的是日本古來的山嶽信仰受宗宗影響成立的宗教。修驗道的實踐者稱為修驗者或山伏，其教義認為可以通過在山中修煉以獲得無上的法力，而甲賀郡的飯道山因是修驗道祖師役行者得道飛升之地，也便成為了修驗道聖地。以此為地理基礎，考慮到忍者誕生的歷史，九字真言通過種種渠道傳入了以近江田甲賀郡及伊賀國為中心的忍者群體，也便不足為奇了。
在中國道教文化中，九字真言主要用來防身除魔，其神通頗為廣大：一把寫有九字真言的摺紙符放於傷口處可以止血止疼痛，放於枕下可以退惡夢病痛，放於海上則無覆船之虞——當然，結印咒語均要配合強大的念力才見效。而在日本的忍者文化中，九字真言也對應著不同的神勇，比如「臨」字對應身心穩定、「皆」字對應危機感應、「列」字對應時空控制。不過，達到「奧義」級別的九字真言並不囿於最基礎的九種手印，當修行足夠強大時，可以從中幻化出「恆河沙數」般的變體，所以九字真言也在忍者眼中也的確是「袖裡乾坤大、壺中日月長」了。
《火影忍者》並沒有繼承九字真言的結印，而是另立門戶將手印與十二地支相聯繫。不過，以忍術來看，其作用也並不出九字真言中的「神通」，比如山中氏的「心轉身之術」可以對應「臨」字，香燐的「神樂心眼」可以對應「皆」字，強大的寫輪眼可以操控時空、空間與質量，那自然能對應最為強大的「列」字了。