台灣人民50年的抗日鬥爭可歌可泣，氣壯山河，犧牲者達65萬之眾。自1895年以來，台灣人民長達半個世紀的抗日鬥爭有很多精彩的故事。
著名歷史學家戴逸指出的那樣，「台灣同胞為反抗日本殖民統治、爭取回歸祖國而進行的鬥爭，構成了近代中國人民反抗外來侵略鬥爭的重要組成部分，為這段歷史增添了極為光輝的一頁」。
西來庵起義——台灣最大的起義：
經歷了漫長乙未戰爭後，日本終於全面接管台灣，台灣開始日治時期。準確的來說台灣人的素養構建有很大部分得益於日本。我一位在台灣的朋友曾經對我說，他前往日本後發現，在台灣和在日本除了語言外並無什麼不同。台灣的人更加貼近日本的生活與那場殖民是分不開的。
1915年，台灣被日本統治20年時，台南廳人余清芳於台南市「西來庵」假借神佛的名義來宣揚其抗日行動，之後其認識了台中人羅俊及楠梓人江定，密謀組「大明慈悲國」，並以宗教方式催眠信徒，宣稱日本據台20年，氣數已盡，他受到王爺的神示，擔任「台灣人的皇帝」，更宣稱中國將派大軍支援。同年5月，由於計劃暴露，日本台灣總督府開始全面準備肅清這場運動。
7月9日余清芳和江定率眾襲擊日寇屏東甲仙埔支廳各派出所，殺死日寇30多人，轉戰台南，與日本人奮戰達40多天，余清芳和江定從一九一五年陽曆七月初開始，發動了一連串的攻擊事件，燒毀許多派出所，殺死數十名日本和台灣警民。八月初，日本警察和軍隊反攻，雙方在噍吧哖虎頭山兵鋒交接，余清芳等人不敵日本的機關槍和大炮，死傷慘重。日方軍警隨後在附近村莊，以及余清芳等人逃亡藏匿的山區進行大規模的搜捕行動，燒毀許多民房，並有一些百姓遭到報復性的殺害。到8月22日，領袖余清芳被捕，1916年4月，殖民政府透過地方人士的交涉，說服另一位領導人江定自首。江定等人於1916年9月被處以死刑，其中遭到起訴的有1,482人，而被判處死刑者高達915人，實際上被處以死刑者有135人，也有接近300人則死於監獄之中。西來庵事件終告落幕。
西來庵事件被捕的抗日誌士，帶著木籠示眾
這是日治時期台灣人武裝抗日事件中規模最大、犧牲人數最多的一次。此事件亦使台灣人民抗日運動由武裝轉型為社會與政治運動。
霧社事件——原住民的反抗
賽德克巴萊本質上宣揚了一種原住民至上的思維主題
日本是個現代體制的國家，他們認為土地的資源如果認定不是私人所有，就要成為公有，所以重視的是土地的使用權。而台灣的原住民沒有土地所有權的觀念，他們採用游耕，打獵的時候又跟著獵物跑，這樣一來，在台灣的開礦等運動的促使下，原住民生活的空間日漸狹窄。
在日本人的眼中，霧社的賽德克族人無非是蕃族蠻人，化外之流。因此對於這些部落族人一方面是拉攏，一方面是輕視。賽德克族領袖莫那魯道曾經被組織前往日本觀光，他因此覺得台灣的巡警比起日本本土差勁是台灣日本巡警看不起原住民所致。
當時日本政府鼓勵日本人迎娶番族女子為妻子以加深殖民，但是日本人一向賤視女性，這些原住民女子大多被隨意丟棄，很多甚至淪為歌妓。加之日本人廢除出草（獵頭）、要求原住民廢除紋面、穿著和服等行為都讓莫那魯道十分不滿。
1930年10月7日上午，莫那·魯道的兒子達拉奧結婚，居民正在聚集喝酒慶祝，恰逢日警吉村途徑這裡。達拉奧友好地斟滿一碗酒請吉村喝。這本是當地尊敬客人的一種禮節。沒想到，但素來好潔癖的日本人吉村卻認為不衛生。竟用手杖將達拉奧手中的碗打掉，還揮舞手杖打人。達拉奧受此侮辱，怒不可遏，他和弟弟巴沙奧一齊衝上去，把吉村掀翻在地，狠狠地打了一頓。
第二天，日本警察以「侮辱官憲」的罪名將達拉奧拘押拷打。莫那·魯道恐日警乘此製造事端，牽連其他人，就攜帶禮品親自向吉村賠禮道歉。但吉村不依不饒，口口聲聲要嚴辦他們。莫那·魯道知道日本人決不肯善罷甘休，於是就決定領導群眾發動武裝起義。
1930年10月27日，是台灣神社大祭典，霧社地方照例舉行一年一度的盛大運動會，日本人會全部穿上傳統和服，便於和華人、山地人區分。賽德克族人認為這是起義的最好時機。第二天，賽德克族人利用運動會，升旗唱國歌為信號，衝進會場，發動總攻擊，殺死日本婦孺兒童共計134人（其中兩名穿著和服的漢族人也被誤殺）
事件發生之後，日本人立即調動大批警察與軍隊，在日本正規陸軍及警察的進攻之下，抗日霧社的泰雅人退守斷崖絕壁，地形險要的山林洞窟與日軍展開殊死搏鬥。日軍攻擊受阻的情況下，一方面調動與泰雅族有仇的其餘民族獵殺泰雅族人拿酬金；一方面動用飛機狂轟亂炸，甚至投擲糜爛性毒氣彈，原住民死傷慘重。參與霧社起義的六個社總人口共計1200餘人，有作戰能力的壯丁僅300餘人。事件致使六社644人死亡，其中290人自殺。
賽德克族人是以上吊的方法自殺的，從當時日本人所拍攝的照片可以看到，一棵樹吊了很多人，以至於樹枝都彎曲下垂。有的婦女為了讓男子沒有後顧之憂而勇敢作戰，就自己先自殺，十分地悲壯。
霧社首領莫那·魯道看到大勢已去，把妻子打死，也在山洞中自殺，他的屍體沒有完全腐化，有一半變成了木乃伊。
1933年他的遺骸被日本人意外尋獲，日本人將其送至台北帝國大學，土俗人種研究室作為學術標本。1974年，國立台灣大學在其族人和長老強烈的要求下，莫那·魯道的骨骸，方返還霧社的「山胞抗日起義紀念碑」下葬。
後續：
值得一提的是霧社事件並非抗日事件，至今為止台灣史學家也不認為這是台灣抗日戰爭的組成。因為原住民沒有國家概念，他們僅僅是覺得被侮辱而反抗。這種做法其實並沒有多麼高大的意義。霧社事件後台灣基本上抗日的武裝鬥爭都停止了，霧社事件也讓原住民嚇破了膽，10年後他們卻作為日本兵為日本效力；組建了數量巨大的高砂義勇軍為日軍東南亞戰役立下戰功，甚至寧願自己餓死而絕不偷吃軍糧的「忠誠」。至今仍然有數百原住民牌位被供奉在靖國神社裡。對於這些人的身份設定，至今仍然還是具有很深的爭議。
日軍部隊——手持高砂刀的台灣高砂義勇軍
在原住民看來，台灣只有漢族和原住民族群之分，我們不太有國家的觀念，只有族群跟族群的觀念。就像電影《賽德克·巴萊》里說的，我們清楚知道自己族群的領地在哪裡，你要是跨到我領域來的話，我們一定要出草。日本殖民時代是對原住民傷害最強烈的，他們用暴力，用所謂的法律限制原住民的生活，剝奪我們的土地。直到日本人走了，『中華民國』進來了，他們承接了日本殖民時期的制度，一直到現在。
這種錯誤的意思也造成的嚴重的後果，導致原住民文明在台灣日據後期逐漸取代了「台灣本土漢文化」思想，變成了一種「台灣本土原住民思維」。這種原住民思維逐漸開始代表整個台灣的文化。最終原住民思維將會成為台灣脫離漢文化，促成台灣獨立最大的勢頭，這種勢頭在台灣二二八事件中爆發情況顯著，也導致了原住民對漢族等種族的仇視意識逐漸深化，成為了驅逐外省人的本土保護主義，這種以台灣為第一優先考慮的條件，導致了深厚的文化危機。